Жизнь на Мадагаскаре оказалась слишком трудной для героев мультфильма. Наши друзья решили сбежать с острова, но случайным образом они забрели на большой корабль, который перевозил груз, как оказалось оказываются в далёкой Африке. Именно здесь Алекс находит своих семью, с которыми расстался давным-давно. Немного позже он отчётливо понял, что жизнь в городском зоопарке сильно его изменила.